El Juicio a las Juntas contaría con el aporte de las investigaciones realizadas por la Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas Conadep). convocada por Alfonsín el 15 de diciembre de 1983 y cuya presidencia se otorgó al escritor Ernesto Sábato. Su objetivo era intervenir en el esclarecimiento de los hechos relacionados con la desaparición de personas otorgándoles la autoridad para recibir denuncias y pruebas y girarlos con posterioridad a la justicia. El Informe, que luego fuera publicado bajo el titulo Nunca más, fue entregado al Presidente el 20 de septiembre do 1984 y determinaba que fueron 8.960 los desaparecidos forzosos durante la dictadura, aunque Amnistía Internacional estimó que el número de victimas superaba los 16.000 y organizaciones argentinas como Madres de Plaza de Mayo hablaron de 30.000 afectados entre muertos y desaparecidos.

El juicio a los ex militares comenzó en forma oral y pública el 22 de abril de l985yconcluyó con la sentencia de a Cámara Federal en diciembre del mismo año- Los Tenientes Generales y ex Presidentes de Facto Jorge Rafael Videla y Roberto Eduardo Viola, el Brigadier General Orlando Ramón Agosti y los Almirantes Emilio Eduardo Massera y Armando Lambruschini fueron acusados y sentenciados por los delitos de homicidio, privación ilegítima do la libertad y aplicación de tormentos a los detenidos. También fueron sentenciados por e¹Consejo Supremo de as Fuerzas Arma-das el Teniente General Leopoldo Fortunato Galtieri, el Brigadier General Basilio Lamí Dozo y el Almirante Jorge Isaac Anaya (absuelto por la justicia civil en el anterior proceso» Si bien esta experiencia de enjuiciamiento generó un precedente histórico no sólo para Argentina, sino también para Latinoamérica, donde las experiencias de los Golpes de Estado siempre hablan quedado impunes, ciertos sectores de la sociedad consideraron que las penas otorgadas eran insuficientes además muchos acusados de m000rrango habían quedado absueltos.

Seguidamente, y para dar por concluido el capítulo correspondiente a los crímenes cometidos durante la dictadura, Alfonsín envía al Congreso el proyecto de ley que se conocería como de Punto Final y que fuera aprobado el 23 de diciembre de 1986. Según esta ley quedaba extinguida toda acción penal contra civiles y/o militares que no hubieran sido imputados por delitos cometidos en las operaciones antisubversivas dentro de un determinado plazo (basta el 23102/87). La Ley de Punto Final produjo el rechazo y malestar en importantes sectores de la sociedad civil, pero también en el seno de los sectores castrenses.